I 2142 er Jorden truet af en hemmelig invasionsplan, og den eneste der kender detaljerne, er agenten John B. Conrad. Desværre har sammensværgelsen fanget Conrad og slettet hans hukommelse, men det lykkes ham at flygte, og så begynder jagten på sandheden og en plan for at redde Jorden. Som Conrad skal spilleren løbe, springe og kæmpe sig igennem puzzle-prægede platformsbaner, hvor enhver forkert bevægelse kan medføre omgående død. Den flydende animation og det filmiske præg skilte sig ud for sin tid, og placerede Flashback på linje med succeser som
Prince Of Persia og
Another World.