Det andet 3d-spil i Zelda-serien, men det første der stemningsmæssigt afviger betydeligt fra det ellers så muntre univers. Hovedpersonen er stadig Link, der nu er havnet i landet Termina. Her må han over en periode på tre dage forhindre at månen falder ned. Spillets centrale omdrejningspunkt er de selv samme tre dage, der gentages gang på gang, mens Links evner vokser, og gradvist leder ham nærmere sit mål. Med sig har Link over 20 masker, der giver ham færdigheder han aldrig før eller siden har haft. De samme masker lader ham løse nye typer af opgaver, og overvinde fjender på nye måder. Spillet anvender samme spilmotor som sin forgænger
The Legend Of Zelda: Ocarina Of Time, men med kravet om en 4 MB ram-udvidelse er grafikken forbedret.