Den vigtigste forskel mellem de respektive udgaver af Capcom Vs. SNK 2 er ikke i selve spillet eller konsollen; den ligger i kontrolleren. Som det kunne forventes, er Gamecuben på dette område konkurrenterne langt underlegen. For at starte med digital pad'et, så nærmer det sig det ubrugelige. De minimale fysiske dimensioner gør, at man slet ikke har den nødvendige præcision til denne type spil. Er man i forvejen ikke opvokset med at lave kvart- og halvcirkler, så kommer man aldrig til at lære dem her. Lidt nemmere går det med det større analog stick, men der savner man den digitale styrings hurtighed og det er f.eks. umuligt at dobbelt tappe.
Og mangel på knapper
Meget bedre ser det ikke ud med knapperne. Capcom Vs. SNK 2 er beregnet til Street Fighter-style knapper: to lige rækker af tre knapper. Gamecube-kontrolleren har ganske vist syv af slagsen, men deres forholdsmæssige placering og form passer slet ikke til spillet. Derfor har Capcom inkluderet en speciel, simplificeret styring til denne udgave og deraf titlen (EO = Easy Operation). Her bruger man kun de to analoge skulderknapper og afhængig af hvor hårdt man trykker, virker det så som et let, mellem eller hårdt slag/spark. Igen må man sige, at det slet ikke fungerer i praksis, fordi der ikke er den nødvendige præcision. Vælger man alligevel denne styring, behøves man i øvrigt ikke lave de avancerede superangrebs-kombinationer. Disse er nemlig sat ned på C-sticket, som man bare rykker til f.eks. højre for at lave Ryus "Ha Dou Ken" Fireball. Det må nærmest betragtes som en fornærmelse mod seriøse gamere, der har brugt tid på at lære disse.
Dårligste version
Er det Nintendos fejl, at de har lavet en god kontroller, der bare ikke lige egner sig til 2d-fightere? Er det Capcoms fejl, at de har lavet et godt spil, der bare ikke egner sig til Gamecube-kontrolleren? Fakta er at kombinationen af de to ikke virker. Selvom spillets alder er blevet tydeligere, er Capcom Vs. SNK 2 stadig et godt spil, men der skal altså købes ekstra udstyr i form af arcadestick eller alternativ kontroller, før det bliver rigtigt spilbart. Al respekt til Capcom for at udgive et så hardcore spil til Gamecube, men mon ikke de hardcore-gamere der er interesserede i det, allerede har spillet til Dreamcast eller PlayStation 2? Begge versioner er langt mere tilgængelige og væsentligt billigere. Casual gamere bør slet ikke overveje spillet, med mindre det er nostalgiske grunde der trækker.